ولم يسلم الموحدون بدورهم من الخسائر إذ قتل منهم أربعون ألف ونجا فقط أربعمائة جندي ما بين فارس وراجل... ويؤكد نص انطباعي آخر أنه "هلك خلق كثير منهم". هكذا يتضح أن حجم عدد القتلى في صفوف الجانبين كان كبيرا، في صفوف المرابطين حيث قتل أربعون ألف فارس وعدد لا يحصى من الرجال ،فضلا عما تعرض له النساء والأطفال والشيوخ من مجاعة عقب الحصار الذي دام أربعين يوما، أو عشرين يوما في رواية أخرى.
وقد عرفت مدينة مراكش نقصا ديموغرافيا كبيرا، أثر على مختلف الأنشطة الاقتصادية والاجتماعية خاصة بعد انتقام الموحدين من هزيمتهم ،حيث قاموا " يشنون الغارات على نواحي مراكش، ويقطعون عنها مواد المعايش وموصول المرافق، ويقتلون ويسبون، ولا يبقون على أحد ممن قدروا عليه...". أما الموحدون فقد بلغ عدد قتلاهم أزيد من أربعين ألف محارب، وهي ضربة قوية للبنية الديموغرافية المصمودية، إذ كانت الدعوة في بدايتها، وكان المشروع الموحدي في مهده، ذلك أنه من أصل أربعين ألف وأربعمائة جندي ، فقد الموحدون أزيد من أربعين ألف، أي ما يناهز الجيش برمته.
وهذا يدلنا على فداحة النكبة التي نزلت بجيش المهدي بن تومرت515-524 هـ ، لكن إحراز المرابطين لهذا النصر لم ينجيهم من قدرهم المحتوم، كما ذهب إلى ذلك أحد الدارسين. هكذا كانت حروب الموحدين مع المرابطين عنيفة، حتى انجلى "أهل المغرب انجلاء عظيما إلى الأندلس"، وهي هجرة عكسية قسرية اضطر فيها المغاربة إلى ترك ديارهم والفرار بأنفسهم. وهو مؤشر على تراجع عدد سكان المغرب خلال فترة الاضطراب والمواجهة العسكرية، ففقد المغرب الأقصى عددا من سكانه بسبب الحروب الداخلية سواء عن طريق القتل أو الهجرة القسرية .
ومن نتائج معركة البحيرة أيضا ما تعرضت له مدينة أغمات من طرف الجيش الموحدي، ولا غرو فقد قتل من هيلانة يوم البحيرة زهاء اثنا عشر ألف جندي، وخرج "..جميع أهل أغمات حتى التجار...فكانت الهزيمة وأخذت جميع المحلات، وقتل من أهل أغمات مقتلة عظيمة، ومات فيها من جناوة ثلاثة آلاف أسود ."
